使ってはいけない LaTeX のコマンド・パッケージ・作法という記事を拝見しました。enumerate.styパッケージは古いのでenumitem.styパッケージに切り替えるのがおすすめだそうです。かといって
\begin{enumerate}[(i)]
\item ほげほげ
\end{enumerate}
というような記述をしていると、単純にスタイルファイルをenumitem.styに切り替えるだけではエラーメッセージが出ます。このあたりは対策も用意されているようで、
\usepackage[shortlabels]{enumitem}
のようにオプションとしてshortlabelsを指定しておくと上記のような記述でもエラーがでなくなります。ソースを徐々に書き換えていかなければいけないなあ…。
Times系のフォントもnewtx.styという新しいものが出ていたらしいです。後半は知らないことが多かったので勉強になりました。