先日LuaTeX-jaでギリシャ文字のイタリック体が表示されないと書きましたが，
本日
LuaTeX-jaの使い方を参考にフォントのプリセット設定を変更したところ無事ギリシャ文字のイタリック体も表示されました．
fontspec パッケージによる数式フォント置換が不都合な場合は，
\usepackage[no-math]{fontspec}
\usepackage[...]{luatexja-preset}
のようにしてください．
という記述があったので，次のようなファイルをタイプセットしてみました．
\documentclass{ltjsarticle}
\usepackage{luatexja}
\usepackage{amsmath,amssymb,mathrsfs}
\usepackage[no-math]{fontspec}
\usepackage[hiragino-pro]{luatexja-preset}
\begin{document}
あいうえお
$\mathit{\Delta}$, $\Delta$
$\mathit{\Psi}$, $\Psi$,
$A$, $\mathit{A}$, $I$, $\mathit{I}$,
$B$, $\mathit{B}$
\end{document}
ギリシャ文字のイタリック体もきちんと表示されています．
